Minimisation d'énergie
  A ce stade,le programme dispose des informations suivantes.
    . Les types d'atomes
    . Les types de liaison.
  Avec ces deux informations,il dispose de la liste de
  connectivité compléte de la molécule.
    . Les coordonnées 2D "écran" des atomes qu'il va
      transformer en coordonnées Angstroem(également en 2D).
      C'est la conformation initiale de la molécule.
  Il lui reste à déterminer:
    . la présence éventuelle d'atomes Pi(pour le calcul intermédiaire
      des orbitales Pi) 
    . la présence éventuelle de liaisons H
    . la présence éventuelle de liaisons métalliques(qui nécessite
      de définir des liaisons de coordination métallique) 
  Dés lors,la molécule va être soumise à une optimisation géométrique
  compléte
  La minimisation de son énergie va consister à modifier,par incréments
  la géométrie jusqu'à obtenir un minimum local.
  Aucun algorithme de minimisation ne permet de garantir
  de façon absolue l'obtention du vrai minima (ou minimum global).
  C'est pourquoi,il est fortement conseillé,aprés une minimisation,
  de balayer l'espace conformationnel en utilisant des techniques de
  Recherche conformationnelle 
  


 



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revised:05/2000