CADCOM/MANUEL D'UTILISATION

CHAMPS DE FORCE MMX.....
      
 2) Les doublets
            Tous les atomes basiques ont,par hypothése,des
            doublets.
            La distance atome-doublets est toujours de 0.6Ang
            
 
Atomes sans doublets
Atomes avec 1 doublet
Atomes avec 2 doublets
L'Azote 9 de l'amide ou de l'énamine
L'oxygéne esteralkyl 
L'oxygéne carbonyl(type7) 
Les halogènes
L'azote imine(ou pyridine)type37 
Le Soufre sulfide(type 15) 
Le Soufre Sulfonium type 16 
l'oxyanion(type 42)
Le Soufre Sulfoxide type 17 
L'oxonium type 46 
Le Phosphore trivalent type 25 

         
3)Aromaticité
             a) Définition du Carbone aromatique"Ar"
                Pour éviter un calcul VESCF,il est possible d'utiliser 
                le carbone"Ar".Celui-ci est défini tel que la distance
                entre 2 carbones aromatiques soit de1.40Ang dans le phényl
             b) Définition des atomes Pi
                Les atomes suivants peuvent être Pi . 

Atomes Pi
C (type2)
C (type3)
C (type4)
C.(type29)
C+(type30)
C-(type48)
O(type6)
O(type7)
O-(type42)
N(type 9)
N(type 10)
N(type 37)
N+(type 41)
          
4)Etats de transition(11)
                

Atomes
Réaction
C*-C*
Diels Alder ou Cope
C#-C#
Diels Alder ou Cope
C-H*
allyl dan une réaction ene
C*-H*
éne ou hydroboration
C#-B#
hydroboration
C*-C$
addition d'oxyde nitril à un C/sp2/sp
C#-O# 
Claisen
C*-C%
Sn2 nucléophile
C%-I%
Sn2 
C%-O# 
oxygéne nucléophile
C#-N#
Aza Cope
             L'ordre de liaison des états de transition
             est fourni par l'utilisateur(par exemple,on
             entrera 0.3 pour la réaction de Diels-Alder).

          
5) L'énergie de "stretch-bending"
             Expérimentalement,on constate que les longueurs des
             liaisons augmentent quant les angles de ces liaisons
             diminuent;c'est pourquoi on inclut ce terme pour
             corriger l'énergie d'interaction.
          
             Esb=2.51*Ksb*theta*(R12+R23)
  
               Ksb  : Constante de stretch-bending en md/ang
               Theta: Angle entre les atomes1-2-3
               R12  : longueur de liaison 1-2
               R23  : longueur de liaison 2-3
              
           
6) Déformation hors du plan("Out Of Plane Bending")
               Concerne les atomes :
               C sp2(type2)
               C carbonyl(type3)
               N amide et pyrrolle(type9)
               C. radical(type29)
               C+ carbocation(type30)
               C- carbanion pi(type 48)
               kopb=0.8
           
7) La liaison Hydrogéne
                 Pour maximiser la liaison Hydrogéne,on définit 2
                 facteurs de contribution:
                 -les interactions charge-charge(qq),ou les charges
                  sont dérivées des dipôles de liaison de la
                  molécule,incluant la liaison atome_doublet.
                 - un terme en attraction en 1/r2 entre le doublet
                  (dont le rayon vdw est fixé à 0.2Ang) et l'atome
                   d'hydrogéne
                 Donc,tout atome susceptible d'accepter la liaison H
                requiert des doublets avec des moments de liaison
                reproduisant les moments dipolaires et contribuant
                à la liaison H. Ces atomes sont
                 -les oxygénes(type 6,7,42)
                 -les azotes(type 8,10,37)
                 -le soufre (type 15)
                 -le phosphore  (type25)

                Les moments dipolaires des doublets sont utilisés
                pour les hydrogénes type 21,23,24,28 et l'hydrogéne 
                type 5 quand il est relié au soufre.
                Le potentiel d'interaction (1/r²)dépend de la 
                basicité des doublets donneurs et de l'acidité
                de l'hydrogéne.
                Il y a également une dépendance angulaire dans la 
                terme 1/r² qui est du type k*(Rij-R:h)**3
                 Rij= distance entre l'atome donneur de
                   doublets et l'atome donneur d'hydrogéne
                 R:h= distance entre le doublet et l'Hydrogéne 

                Le potentiel d'interaction VDW entre un Hydrogéne et
                un doublet est donc donné par la formule suivante:
                Evdw=eps*290000*e(-12.5/p)-ehb*p²
             

(PEPTIDES)

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Last revised:05/2000