CADCOM/MANUEL D'UTILISATION
 
       
 
Le Docking
       Le docking est l'étude des interactions entre molécules.
       Les interactions entre molécules sont non-liantes et
       concernent donc :
        . Les interactions VDW
        . Les interactions électrostatiques
        . Les interactions Hydrogénes 
       En étudiant les diméres et autres associations de
       structure,il est apparu que les routines de minimisation
       ne déplaçaient pas correctement les molécules les unes
       par rapport aux autres,dans le but d'optimiser les interactions
       inter-moléculaires.
       L'approche du type recuit simulé("rigid annealing" a été ainsi
       introduite.Son principe est le suivant:
       Une structure est déplaçée aléatoirement dans un
       volume défini au préalable autour de l'autre structure(ou
       à l'intérieur d'une cavité si celle-ci a été préalablement
       définie par des superatomes par exemple).
       Comme critére d'acceptation,on utilise celui de
       Metropolis appliqué à l'énergie.
       La température initiale ainsi que le gradient de
       température sont fixés avant le lancement du programme.
       La température est ensuite diminuée de la valeur de
       l'incrément chaque fois qu'une structure acceptable
       est trouvée .
       La température détermine également le déplacement
       aléatoire de la structure.
   

(SOMMAIRE)

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Last revised:05/2000