CADCOM/MANUEL D'UTILISATION

Comparaison et superposition des molécules.
La comparaison de 2 ou plusieurs molécules est un cas classique en 
modélisation moléculaire.


 
1)Comparaison géométrique
Il faut,pour ces molécules déjà optimisées ,rechercher le plus grand
nombre de caractéristiques géométriques communes("Molecular Fitting")
 Superposition rigide("rigid fitting")
    cette méthode consiste à déterminer la superposition géométrique
    optimale obtenue en minimisant la somme des carrés des distances
    entre chaque couple d'atomes spécifiés(méthode des moindres
    carrés ou "Least square fitting method")
      
 Superposition flexible("flexible fitting")
    cette méthode explore l'espace conformationnel d'une molécule
    (superposition de plusieurs conformations)
2)Comparaison energétique
L'énergie totale sert à comparer la  stabilité des conforméres 
ou des diastéréoméres.
La chaleur de formation est utilisée pour comparer les stabilités
des isoméres. 
EXEMPLE1:DECALINE

 
Paramétres
Trans-decaline
Cis-decaline
DeltaE
Stretching
0.73
0.78
-0.05
Stretch-Bending
0.17
0.24
-0.07
Bending
0.69
1.46
-0.77
Torsion
4.25
5.66
-1.41
VDW
5.58
6.01
-0.43
Total
11.42
14.15
-2.73
La trans-decaline est plus stable que la cis de 2.73 Kcal/mole.
EXEMPLE2:Les ACETALS

 
 


Paramétres
Trans-acétal
Cis-acétal
DeltaE
Stretching
0.86
0.85
0.01
Stretch-Bending
0.25
0.30
-0.05
Bending
2.25
2.91
-0.66
Torsion
8.33
7.81
0.52
VDW
8.16
8.19
-0.03
Echarge
2.79
1.89
0.90
Total
22.64
21.95
0.69
Dans ce cas,la position cis est plus stable(c'est l'effet anomérique)
En pratique(Descotes),à l'équilibre,le mélange comprend 57% cis et 43% trans,à 80 °C.  
En théorie,on a le résultat suivant:
     R=1.98 cal/mol/°K
     T=353°K
     RT=0.6989
     exp(-DeltaE/RT)=0.373
     La probabilité Boltzmann pour la conformation cis est:
       P(cis)=1/(1.373)=0.73
     La probabilité Boltzmann pour la conformation trans est:
       P(trans)=0.373/(1.373)=0.27
La constante d'équilibre se calcule à l'aide de l'équation:
  

(SOMMAIRE)

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Last revised:05/2000