CADCOM/MANUEL D'UTILISATION

La modélisation moléculaire est un terme général qui englobe
différentes techniques de graphisme moléculaire et de chimie
computationnelle permettant de dessiner,afficher,simuler ,
analyser,calculer et stocker les propriétés des molécules.
 
 
Le graphisme moléculaire a pour but
           d'afficher la molécule sous différentes formes,couleurs et
             représentations,par exemple en fil de fer,en surfacique.. 
           de déplacer,tourner.. la molécule en 2 ou 3 dimensions
           de visualiser ses propriétés (isocontours,surface..)
 
La construction d'une molécule se fait
           soit en la dessinant à l'écran de maniére interactive
           soit en assemblant des fragments contenus dans une base de
             fragments
           soit en assemblant des molécules contenues dans une une base de
             molécules("Template") interne au programme ou externe(ex la
             banque PDB-Brookhaven Protein Data Bank)
 
La chimie computationnelle
         Tout molécule dessinée doit être minimisée,cad que sa conformation
         doit être amenée à une position stable Cette procédure appelée
         minimisation  est un processus itératif dans lequel les coordonnées
         des atomes sont constamment ajustées jusqu'à amener la molécule
         à une énergie minimale.La conformation ayant la plus basse énergie
         est considérée comme la plus stable.
         Les méthodes de calcul peuvent se résumer à
            la chimie quantique("Ab-initio")dans laquelle seuls les
              électrons sont traités(les noyaux restant fixes)
            la méthode semi-empirique qui étudie seulement les électrons
              de valence avec un hamiltonien plus simple qu'en ab-initio
            la mécanique moléculaire qui ne traite pas de l'électronique
              du systéme mais utilise les lois de la mécanique newtonienne.
              La molécule est représentée comme un ensemble statique de sphéres
              (les atomes)reliées entre elles par des ressorts(les liaisons).
         La méthode ab-initio nécessite des puissances de calcul importantes 
         pour des  tailles de molécule trés faibles(10 atomes).
         La méthode semi-emipirique est présente dans le programme sous 2 formes:
             le calcul VESCF des systémes Pi,en mécanique moléculaire.
             Mopac6.0 .
         Elle est en général limitée à une centaine d'atomes.
         La mécanique moléculaire représente la forme la plus courante des 
         logiciels commerciaux car elle est rapide,fiable et permet d'optimiser
         des molécules de poids trés élevé(macromolécules),avec un temps de
         calcul raisonnable.Le code de référence est MM2(et plus récemment MM3)
         du professeur Allinger de l'université de Géorgie(USA).
         Dans Pro-Chemist Model ,nous utilisons une version améliorée de MM2 
         en ce sens  que le programme est capable de traiter une plus grande
         variété d'hétéroatomes,de radicaux,d'états de transition.. 
         et qu'il intégre des calculs semi-empiriques  VESCF pour les systémes PI.
Le stockage des données a pour but
 
         d'enregistrer la molécule sous différents formats
         d'établir une base de données de molécules
         de rechercher,comparer,superposer des motifs communs

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Last revised:05/2000